事实是，人类在不经意间找到了第一使徒亚当，但是作为神的亚当是不应该留在人间的。当莉莉斯来到人间试图找回亚当的时候，便引发了第二次冲击。最终人类设法用隆基诺斯之枪将莉莉斯封印在十字架上，并将他伪装成亚当的样子，希望在“约定的时刻”建立永恒的“千年王国”。
　　
　　第二新东京市
　　由于在第二次冲击中，东京湾畔的旧东京地区被海水淹没。日本政府不得不在原来的长野县长野市营建新都，是日本政府的所在地。值得一提的是，原来的日本第一名牌大学、国立东京大学也在第二新东京市重建，并命名为“第二新东京大学”。包括葛城美里、赤木律子和加持良智在内的绝大多数NERV工作人员都毕业于这所大学。
　　
　　第三新东京市
　　名义上是日本政府根据《第三新东京市迁都计划》营建的另一座新都，其位置大约在神奈川和静冈两县交界的箱根山上。新小田原港也在管辖之内，非常靠近海岸线。平时看上去依山傍海，绿树掩映，风景秀美，特别是在山上远眺落日余晖，堪称“美景如画”。
　　不过，表面上的秀美无法掩盖她凝重的杀气。其实，所谓“迁都”不过是个借口而已。建造这座新城其实是要开辟一块与使徒决战的战场。所以，第三新东京市在规划的时候，就已经被设计成一个拥有人类最杰出科技的战斗要塞。城市中，各种固定式、半固定式防御武器构成了密集的纵深防御体系，主要建筑物拥有装甲外壳，并可以降至地下，避难所和防空洞等设施一应俱全。
　　第三新东京市的地下部分称为“地下都市”（Geo Front），是NERV
　　总部所在地。虽然建在地下，但是却依然具有都市的一切必要特征。如果说，地面上的都市是要塞的外围，那么地下的都市则是要塞的核心。
　　有一种观点认为，地面上的第三新东京市和地下都市分别代表着人类心灵世界的内外两面。而使徒之所以要锲而不舍攻入地下都市，就是要了解人类的内心。
　　
◇ 机构篇
　　SEELE（ゼ-レ）
　　“Seele”在德语中的意思是“灵魂”，也可解释为“心灵”。作为一个颇有神秘色彩的组织，SEELE早在“第二次冲击”到来之前就已经存在了，可以说整个“EVA的世界”都在它的掌握之中。
　　在片中，SEELE的成员一般并不直接露面。观众通常见到的，都是类似巨石阵列，并标有阿拉伯数字以及“Sound
　　Only”字样的显示牌。据称这个组织常设成员有11人，都是各国的政要或实力人物，再加上NERV的总司令碇元渡，总共12人。似乎是为了仿照耶稣基督的十二门徒而刻意设计的。SEELE是一个拥有最高决策权的机构，有随时对任何人进行传唤和质询的权力。
　　在SEELE之下，有一个名为“人类补完委员会”的组织。这个组织据说是实现“人类补完计划”而专门设立的机构，其中的有五人是SEELE的常设成员，另一个成员则是碇元渡。有时候，冬月副司令也会以“列席”的身份，出席这个委员会的会议。
　　无论是SEELE还是“人类补完委员会”，核心人物都是“议长”基路·洛仑兹。不过，也有的研究者认为，其实SEELE和“人类补完委员会”，只是一个机构的两种形式。除了“议长”和碇元渡以外，其他的成员都是虚构的，而真正的幕后老板就是“议长”本人。
　　
　　人工进化研究所（GEHIRN）
　　“Gehirn”在德语中的意思是“脑”。这是一个在“第二次冲击”前后建立的秘密科研机构。有可能是直接受SEELE或“人类补完委员会”的资助和控制。
　　它的主要职责主要有三项：研究“使徒”；开发和建造能够抵御使徒的“EVA系列”战斗机器人；研制具有人性化操作界面的超级计算机系统“三贤人”（MAGI）。
　　当身为教授的冬月增幸开始接触这个秘密科研机构的时候，碇元渡已经是研究所的所长了。而且，碇唯和赤木尚子也都在这里工作。至于后来NERV的战术骨干葛城美里和技术骨干赤木律子，最早都是这个部门的成员。
　　当MAGI系统在2010年研制成功以后，人工进化研究所也改组为NERV组织，从此在“EVA”的字典中消失。
　　
　　特务机关NERV（特务机关ネルフ）
　　“NERV”在德语中的意思是“神志”。这个组织由原来的“人工进化研究所”改组而成。与原来单纯的研究机构不同，NERV名义上是由联合国直辖的非公开组织，实质上却是受到SEELE和“人类补完委员会”控制的，具有超司法管辖权利的特种武装力量。
　　从表面上看，这个机构的任务是为了预防“第三次冲击”以及对使徒进行调查、研究、歼灭的工作，但真正的目的是为了执行“人类补完计划”。这个机构的核心负责人依然是“议长”基路·罗兰兹，最高司令官是碇元渡，副司令为冬月增幸。
　　NERV总部位于第三新东京市的地下城中，基地内的结构极为复杂，上下共分14层，由几千条自动通道相互连接。基地的中枢部位是中央指挥大厅。在大厅的中央，有一座三维电子沙盘，可以及时侦测战场的战况和推演战术方案。
　　在组织机构上，总部下辖管理部（主要负责人事﹑训练、设施与补给），战术作战部，科学调查分析部，技术开发部（负责EVA素体、材料工学﹑电磁光波武器与常规武器的研发），总务部（负责会计和宣传），保安谍报部（负责反间谍和对外情报），特务部（大半设于第二研究所），特殊警备部（专任研究所设施警备），警备部（拥有对NERV以外的外部区域的警察权），各部以下一般又有“局”、“课”两级编制。另有直辖机关两个，分别是第一研究所和第二研究所。除此之外，位于静冈县第三新东京市的富士试验场和长野县松代市的松代试验场都是NERV的附属机关。
　　除了位于日本的NERV总部以外，NERV还已知有三个海外支部。他们分别是NERV德国支部，负责EVA二号机的研制和生产；NERV美国（第一）支部，可能位于内华达州，负责EVA四号机的研制和生产；NERV美国（第二）支部，负责EVA三号机的研制和生产，但后因意外事故被完全摧毁。此外，依照NERV总部拟定的第二阶段整备计划，准备在三年内，在中国与澳洲建设新的设施。以此推断，剧场版中出现的九架量产型号“EVA”很可能是在德国、中国和澳大利亚生产的。
　　NERV徽章的图案部分是由半片枫叶和“NERV”的英文字母组成的，围绕在图案下面的文字是“God is in his heaven, all right with the world.”这是英国诗人罗伯特·布朗宁的诗作《Pippa Passes》中的诗句，译成中文是“神在他的天堂，世界万事妥当。”也有的研究者将这句诗翻译为“神不为者，人为之。”
　　
　　马杜克机关（Mardock机关）
　　马杜克是古代美索不达米亚神话中开天辟地的创始神、太阳神和城邦保护神。传说，是他杀死了象征浑沌的怪物之母提亚马特，并用自己死后的遗体创造了世界。他是人类共同的祖先。在苏美尔城邦时期，能够赢得马都克神庙祭祀权的城邦就是整个苏美尔世界的霸主。
　　在动画片中，马杜克机关名义上是为了选拔EVA驾驶员而设立的一个咨询机构，直属于人类补完委员会。从记录上看，除了SEELE直接送来的第五适格者渚薰之外，其余的适格者都是由此机关加以甄选、审核之后，才送到NERV的。
　　不过，根据暗中潜入NERV内部做调查的加持所得到的情报显示，跟这个机构有关系的108家公司中，有107家都是子虚乌有的挂名公司。在遮遮掩掩的障眼法背后，掩藏着EVA驾驶员产生过程的核心机密。
　　
　　盟军
　　联合国掌握的常规武装力量，片中称为“战略自卫队”或简称“战自”。但是根据惯例，联合国军在承担战斗任务时，应该称为“多国部队”或“盟军”。
　　他们曾经是最早抗击使徒的力量，但因为常规战法对使徒无效，因此不得不把作战任务转交给NERV。在剧场版中，因为SEELE声称，NERV将引发“第三次冲击”。盟军便派出精锐的特种部队，对NERV总部展开“斩尽杀绝”的全面摧毁行动。由此可见，SEELE对于盟军和联合国都有极大的影响力。
　　NERV的绝大多数成员都在这次“屠杀”行动中丧生。然而，随着EVA二号机的觉醒，盟军的行动完全失败，最终全军覆没。
　　
◇ 使徒篇
　　第一使徒 亚当（アダム/ ADAM）
　　享有“人类始祖”的美誉，但却也是造成“第二次冲击”的原因。后来，被还原成最初的胚胎形态，并凝固在树脂中。在片中，它是“人类补完计划”得以实现的重要环节。由加持良智从NERV德国支部秘密押送到NERV总部，并植入碇元渡的右手手腕中。
　　
　　第二使徒 莉莉斯（リリス/ LILITH）
　　根据犹太教的经典记述，莉莉斯是亚当的第一个妻子，后来因为不甘心屈服于亚当而逃离伊甸园。
　　在动画片中，NERV总部的核心禁区“最终教条”（Terminal
　　Dogma）里，有一副巨大的十字架上，上面封印着一个白色的、拥有七只眼的巨人，见过它的人都以为他是第一使徒亚当。但是，当化身为“渚薰”的第十七使徒来到这里的时候，却发现暗藏在“亚当”面具下的是第二使徒莉莉斯的真身。原先她只有上半身，但隆基诺斯之枪被拔去后，便开始长出足，而且腹部开始膨胀，有妊娠迹象。她的灵魂则被注入到绫波丽的体内。
　　亚当和莉莉斯的儿子是第十八使徒路西法，也翻译为“李林”（リリン/Lilin）。他曾经贵为“天使长”（神军和众天使的统帅），后来因为背叛神的意志而“堕落”。在片中，渚薰曾多次用“李林”代指人类，这其中有两层含义：第一，指人类是亚当之子；第二，指人类是“判神者”，背负“原罪”。
　　
　　第三使徒 水（サキエル/ SAKIEC）
　　又写作“Sakkiel”，在《圣经》中是守卫七层天界中第六层的天使。在片中，它是率先向第三新东京市发起进攻的首个使徒。经“三贤人”系统的调查证明，它并非是遥控的机器人，而是具有自主行动能力的智慧生命体。后被处于“暴走”状态的初号机消灭。

　　第四使徒 昼（シヤムシエル/ SHAMSHIEL）
　　在《圣经》中，它就是守护伊甸园的天使。在片中，它从太平洋上飞来，有着蠕虫一般的身形。它有两条形如“长鞭”的触手，能切割并溶解任何阻挡物。最终，被初号机用高振动粒子刀刺中S2机关，随即停止行动。

　　第五使徒 雷（ラミエル/ RAMILE）
　　又写作“Remiel”，在《圣经》中是七位大天使之一，支配真实的幻影。在片中，它是以正八面体的形态出现的，可以说是攻守兼备的空中要塞。它以镜面化的“绝对领域”来防御一切物理攻击，并用加速粒子流进行反击。最终，在由葛城美里策划的“屋岛作战计划”中被消灭。
　　
　　第六使徒 鱼（ガギエル/ GAGIEL）
　　造型极为类似侏罗纪时代的水中爬行巨兽“平滑侧齿龙”。藏匿在浅海中，在毫无征兆的情况下，突然向负责运送EVA二号机前往NERV总部的盟军太平洋舰队发动攻击。曾经一度将二号机吞入口中。最终，被二号机掰开嘴巴，并用大型战舰的主炮以零距离攻击摧毁。

　　第七使徒 音乐（イスラフエル/ ISRAFEL）
　　又写作“Israfile”，在《圣经》中是负责吹响“末日审判”号角的天使。在片中，它是拥有“阴阳鱼”般的双核心而唯一具备分身能力的使徒，无论远战或者近战都有出众表现。初次交锋中，曾经同时击破初号机和二号机的联手进攻。最后，在“62秒作战”中，被两架EVA以高度协调的同步攻击挫败。

　　第八使徒 胎儿（サンダルファ◇/ SANDALPHON）
　　在《圣经》中，它是第五层天界的守护天使。在片中，它是唯一在孵化前被NERV找到的使徒。然而，在捕捉的过程中，第八使徒突然觉醒，并急速孵化成形。它能够在高温高压的熔岩里高速移动，具有超常规环境适应能力。最后，在初号机的支援下，被二号机消灭。

　　第九使徒 雨（マトリエル/ MATOLIEL）
　　形如巨大的蜘蛛。在NERV总部电力供应系统遭到人为破坏期间，向第三新东京市发动进攻。它的主要武器是类似强酸的腐蚀性液体，其作战目的似乎并不是攻入NERV总部，而是摧毁EVA系列。后被三架EVA联手消灭。
　　
　　第十使徒 空（サハクイエル/ SAHAQIEL）
　　从印度洋上空突然袭来的飞鸟状使徒，其体积异常庞大，身体能够分泌出雨滴状的“航弹”，而且它本身就是一枚威力巨大的炸弹。在瞄准第三新东京市后，便开始加速下坠，企图以自杀方式与NERV总部同归于尽。最终被三架EVA合力以最强“绝对领域”阻止，随即被摧毁。
　　
　　第十一使徒 恐怖（イロウル/ IRORL）
　　形态接近于细菌且用肉眼无法辨认的微生物，具有强大的适应和进化能力。它是在EVA模拟体实验中，从第八十七层蛋白壁开始侵入总部，并不断分裂增殖，最终侵入“三贤人”电脑系统，试图引发NERV总部的自爆。最终，在“进化的末端”与“三贤人”系统达成共生关系，第十一使徒随即消失。
　　
　　第十二使徒 夜（レリエル/ LELIEL）
　　外表是浮动在半空中的圆形球状体，外表遍布黑白色条纹，但事实上那只是使徒的影子。其本体是地面上看似阴影，直径为六百米，厚度为三十亿分之一米的黑色区域，其内部是连接不同维度宇宙的边缘区域（类似百慕大三角地带），也称为“虚度空间”。真嗣驾驶的EVA初号机，在不明真相的前提下，被黑影吞噬十数小时。在内部能源耗尽的情况下，初号机突然觉醒，从内部撕裂使徒。
　　
　　第十三使徒 霞（バルデイエル/ BARDIEL）
　　与云层和雷电有关的神秘使徒，很可能是在EVA三号机从美国支部运往日本的途中侵入并潜伏在三号机内部的。在松代试验场进行启动试验时觉醒。最后，被由“Dummy
　　System”操作的初号机粉碎。
　　
　　第十四使徒 力（ゼルエル/ ZEREL）
　　号称“史上最强悍”的使徒，手臂是锋利并且伸缩自如的带状物。在真嗣不在NERV的时候，突然袭来，并突破表面装甲侵入地下城中。在相继击败零号机与二号机之后，直逼NERV总部中央作战大厅。危急时刻，真嗣驾驶EVA初号机出战，并以创纪录的400%的同频值摧毁使徒。
　　
　　第十五使徒 鸟（アラエル/ ARAEL）
　　形如巨鸟，被明亮的闪光所覆盖的使徒，最初出现在地球同步轨道上，并具备非物理性的精神攻击武器。最后，由零号机用隆基诺斯枪射穿其“绝对领域”后被歼灭。
　　
　　第十六使徒 子宫（アルミサエル/ ALMISAEL）
　　给人以诡异感觉的使徒。从外表上看，它似乎是一个双螺旋状的光带，首尾相接构成的圆环，直径在一千米左右，外形可随意变化。曾一度侵入零号机体内，并且欲与凌波丽融合。最终，在零号机的自爆中被消灭。
　　
　　第十七使徒 自由（カヲル/ TABURISS）
　　它以人的外形出现，化名渚薰，由人类补完计划委员会以第五适格者的名义送到NERV。它也是唯一侵入“最终教条”的使徒。而且，也是揭示出十字架上巨人真面目的人。最后，以获得“绝对自由”的名义，请求真嗣将自己处死。