而且，此后被授命驾驶EVA的人，也都在这一年出生。这被认为是“EVA”众多谜团中，并不显眼的一个。
　　2002年，元渡和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。联合国正式发表公告，宣称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石冲击南极大陆所导致，其破坏性相当于6000万年前的地球与小行星的撞击。
　　事实上，稍有科学常识的人都能够轻而易举的戳穿这个并不严密的谎言。但是，一切有关“真相”的质疑和猜测，都被严格限制在小范围内。不过，现实毕竟难以掩盖。在专家圈内，流传着一些保留下来的照片。在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有些幸存者声称，曾经见到在冲击浪的中心，有数对巨大的翅膀。
　　其实，“第二次冲击”完全是人类自己造成的。前面提到过，亚当作为“人类的始祖”，其真正的身份是第一使徒。人类曾经在不经意之间捡到了亚当的身体。然而，作为“神”的亚当是不应该留在人间的。但是，人类——或者说是少数几个知道事实真相的“精英”，却要逆天行事。于是，当第二使徒莉莉斯来到人间要找回亚当时，人类不得以引发了“第二次冲击”，这才将莉莉斯的躯体封印在十字架上。但是，莉莉斯却把另外15个使徒的“核”散播到世界各处，为的是等他们长大以后夺回亚当。就这样，已经恢复到卵状态的亚当，以及莉莉斯被封印的身体，都被留在了人间。
　　一年以后，即2003年，联合国最终完成对南极的调查。根据调查结果，在位于富士山脚下的箱根，建立了人工进化研究所。而此时元渡已经成为这个研究所的重要人物，冬月教授也在探访了人工进化研究所后，加入了这个组织。此后，在人工进化研究所的基础上逐渐形成了日后使徒与EVA的主战场——第三新东京市。
　　2004年，用来对抗使徒的人形兵器EVA的实验型号完成，随后进行了启动实验。然而，首次试验以失败而告终。主动担任驾驶员的碇唯在事故中丧生，而碇真嗣碰巧目睹了整个事故的全过程，心灵受到极大的伤害。自从经历丧妻之痛以后，碇真嗣的父亲元渡便开始将工作的重心转向更为隐秘的“人类补完计划”。
　　2010年，日后成为NERV的中枢电脑“三贤人”（MAGI）系统完工。当日，系统的主要开发者赤木尚子神秘自杀。人工进化研究所经过重组，成为了新的秘密特殊任务组织NERV。
　　2015年，决定人类未来命运的时刻终于到来了。同样是在毫无征兆的前提下，巨大的不明生物体开始突击第三新东京市。而“敌人”的真实身份都是第三使徒，他的到来是为了把留在NERV总部地底深处的亚当和莉莉斯带回神的世界。面对使徒的攻击，盟军的抵抗显得软弱无力。而此时此刻，在已封锁的街道上，有一位彷徨的少年——他会成为拯救世界的英雄吗？
　　徘徊在街道上的这个少年，就是已经14岁的碇真嗣。此时的他，正在按照父亲来信中的吩咐寻找NERV的作战部长葛城美里。可是，由于使徒来袭，第三新东京市的通讯全部中断，真嗣无论如何也联络不到美里。另一方面，葛城也正在驾车寻找真嗣的下落。就在真嗣准备暂时先去防空洞避难的时候，大地却突然开始振颤。远方，随着盟军空中武装机队的败退，使徒的巨大身影，第一次出现在真嗣的面前。
　　在NERV总部，已经分别成为NERV正、副司令官的碇元渡和冬月幸增，正在密切的注意着战事的发展。战斗的激烈程度超出了任何人的想象，常规战法在拥有“绝对领域”的使徒面前根本就是无能为力。最终，总部不得不采取具有巨大破坏力的N2地雷，进行近乎“自杀”的疯狂作战。然而，即使如此也仅仅是稍微延缓了使徒进攻的脚步。面对如此的局面，盟军统帅部不得不按照约定，将与使徒作战的全权委托给碇元渡负责的NERV。
　　就在使徒暂停攻击的短暂时间里，葛城带着在战场上巧遇的碇真嗣回到位于第三新东京是地下的NERV总部。而此时，真嗣最想见到的人就是已经久违了的父亲——他们已经有将近三年没有见面了。在前往基地核心区的途中，方向感不佳的葛城迷了路，不得不求助于技术开发部门的首席科学家赤木律子。在律子和美里的陪同下，真嗣第一次见到了EVA初号机。
　　就在真嗣目瞪口呆的面对EVA的时候，一种似曾相识的感觉油然而生。哪知道，真嗣的父亲元渡却突然出现在众人的面前。久别之后的重逢，却没有任何的欢乐和寒暄。元渡只是命令真嗣乘上EVA，去和近在咫尺的使徒搏杀。当真嗣得知这才是父亲将自己找来的唯一原因时，伤心而悲愤的他断然拒绝了父亲的命令。而真嗣的拒绝早在父亲的预料之中。随着使徒的逐渐逼近，碇元渡召唤出在前次实验中身受重伤的绫波丽，命令她代替真嗣出战。面对抱着纱布且还在输血的绫波，真嗣受到极大的震撼，终于答应乘坐EVA出战。
　　准备就绪的初号机被巨大的传输系统运送到地面。在夕阳的最后一缕余辉中，初次作战的EVA与来袭的使徒正面相对。在葛城和赤木的指挥下，真嗣操纵着EVA迈出了第一步，但是当他试图继续前进的时候，却不自觉的摔倒了。面对狂奔而来的使徒，恐惧占据了真嗣的全部心灵。随之而来的是使徒一连串的猛烈攻击。初号机的手臂和头部受到严重的损坏，陷入瘫痪状态，驾驶员真嗣也陷入了无意识状态。就在大多数人都认为作战失败的时候，遭到重创的EVA初号机却不明原因突然陷入“暴走”状态，用近乎“虐杀”的方式，突破使徒赖以防御的“绝对领域”，逼迫使徒以“自爆”方式与之同归于尽。烟尘散尽后，人们看到的是几乎完好无缺的EVA初号机。面对如此情景，NERV总部的大部分成员都震惊不已。战斗结束后，几乎没有受伤的真嗣被送进了医院，接受短期的观察治疗。而清理战场和维修初号机的工作也在有条不紊的展开。
　　在完成了预定工作之后，葛城美里来到医院接真嗣出院。当美里得知NERV安排真嗣独自居住的时候，感到非常的不安。于是，葛城要求将真嗣带回自己的住处同住，并获得了高层的首肯。自此以后，真嗣就寄住在了葛城家，而葛城美里也顺理成章地做了真嗣的监护人。不过，与其说葛城收留了真嗣，倒不如说是不善家务的葛城给自己找了一个“保姆”。从此，因为长期独居而擅长家务的真嗣便“承包”了葛城家的所有家务。
　　在葛城家住下以后，真嗣也开始了自己在第三新东京市的生活，与另一位已知的EVA驾驶员绫波丽在同一间学校学习。每天除去普通的课程之外，真嗣还必须到NERV接受EVA的操纵训练，以期尽快熟练的掌握操作技巧。对于被强加的生活方式，真嗣显得异常消极，身为作战部长的葛城美里和技术总监赤木律子都对真嗣的状态感到忧心忡忡。
　　在学校里的生活，也不尽如人意。虽然已经上了两个星期的课，但是真嗣的移动电话却从没使用过——这意味着他还是没有交到一个朋友。不过，当同班同学发现“碇真嗣就是巨大战斗机器人的驾驶员”时，他马上成为人们注目的焦点。
　　下课之后，真嗣被同班同学铃原东治痛打了一顿。原来，东治的妹妹在上次战斗中无辜受伤，铃原将妹妹的受伤规罪于驾驶员的失误，并为此耿耿于怀。被打倒在地的真嗣无助的躺在地上。这时，绫波丽突然出现在真嗣的面前，向他传达了“紧急召集”的命令。第四使徒已经如约而来。
　　使徒的进攻警报，弥漫在整个城市上空，第三新东京市进入全面警戒状态。真嗣的同学们都在防空洞内集中，这其中也包括铃原东治和“武器迷”相田剑介。在相田的怂恿下，铃原同相田一起离开防空洞，希望能够见到与使徒作战的真实场景。
　　面对使徒的攻击，真嗣驾驶的EVA初号机出动了。可是训练中操练的战法，并没有在实战中给真嗣带来任何帮助。面对疯狂进攻的使徒，真嗣选择了逃避，但这并没有给他带来什么好处，反而让他陷入了更大的危机中。使徒利用自己“光带”式的长臂，将初号机重重的甩在远处的山丘上。而这时，真嗣和指挥作战的NERV总部都发现了正在此处“观战”的铃原和相田。这个突如其来的变故，让真嗣陷入两难的境地。出于本能，他操纵初号机试图保护两个人。与此同时，负责指挥作战的葛城指示真嗣让两人进入驾驶舱。这个决定遭到了律子的反对，但是葛城还是设法说服了律子，“收容”命令得以执行。
　　可是，由于驾驶舱里多出了两个人，EVA的神经操纵系统受到干扰，作战效能剧烈降低。可是使徒的攻击却没有减弱。随着时间的流逝，EVA的能量几乎耗尽，败阵似乎已成定局。就在这千钧一发之际，孤注一掷得真嗣拔出高震动粒子刀，奋力刺向使徒。这奋力的一击终于击破了使徒的“绝对领域”。战斗在最后一刻结束了。
　　战斗结束之后，葛城对真嗣不服从命令的举动非常不满，大声的斥责真嗣。真嗣却若无其事的表示：除了自己无人能够驾驶EVA，所以他将继续这个工作。由自卑到自负，其实是一个相同的心理动机在左右着真嗣。
　　事后，铃原对自己先前无理殴打真嗣感到非常愧疚。他从相田那里得到了真嗣的手机号码，便想打电话过去道歉，然而真嗣的电话却无人应答。真嗣到底怎么了？原来，真嗣在经历了多重打击之后，完全丧失了继续留下来的信心。于是，便决定离家出走。就在葛城美里准备前去寻找真嗣的时候，铃原和相田却出现在葛城家门口，原来他们是特意前来登门拜访真嗣的。出于职业的敏感，美里对他们隐瞒了真嗣失踪的消息。
　　出走的真嗣乘车来到遥远的山村，从翠绿的高山上远望城市，真嗣的心情多少有些改善。傍晚时分，真嗣无意中遇到了正在独自玩“打仗”的相田。在“营地”，相田说很羡慕真嗣能够驾驶EVA与使徒作战，真嗣却希望相田不要尝试那种生活。转天早上，NERV保安部的特工找到了“营地”并带走了真嗣。
　　在NERV的禁闭室，真嗣见到了葛城。葛城问他是否要放弃。真嗣回答说，自己虽然不愿意，但是却不想拖累别人，因此会继续留下。这种回答让葛城非常失望，她郑重其事的告诉真嗣：如果决定放弃，就马上离开，回到以前的生活中去。
　　在车站，真嗣见到了前来送行的铃原东治和相田剑介。铃原要真嗣将自己打过他的那一拳打还给他，真嗣照做了，两个人之间的隔膜就此烟消云散。铃原和相田向真嗣保证，他们决不允许有人说真嗣的坏话。此后，真嗣被NERV的特工强行带走。
　　当列车缓缓开动的时候，葛城美里驾车感到车站。目送着原去的列车，葛城感到了些许无奈。就在他准备离开的时候，她突然发现真嗣正站在对面的月台上。真嗣没有逃走，他留下来了。
　　时间回到第三使徒来袭前的几周，由绫波丽驾驶的EVA零号机在接受测试时意外失控，绫波丽乘坐的机舱被从EVA中弹出。这次事故几乎让绫波丽丧命。多亏在场的碇元渡忍住被烫伤的剧痛打开机舱的封盖，才救下了绫波丽。在这个过程中，元渡的眼镜摔坏了。
　　这天，葛城美里和碇真嗣来到存放使徒“遗体”的秘密基地。在这里，赤木律子向他们说明了对使徒研究的初步结果。虽然对使徒的了解还非常有限，但是却还是有一个惊人的发现：在使徒的身上又超过99.98%的DNA与人类相同。
　　恰巧，真嗣的父亲碇元渡和冬月副司令也来到了这里。真嗣注意到父亲手上的烧伤痕迹。赤木告诉他，那是先前为了救助绫波丽而造成的。
　　回到学校之后，真嗣开始注意绫波丽的一举一动。这甚至招来了其他人的误会。真嗣从铃原和相田的口中得知，比自己更早转学来的绫波丽，一直以来都是沉默寡言、不苟言笑。然而，在一次例行的测试实验中，真嗣无意中发觉了绫波里的另一面。当她面对自己的父亲碇元渡时，就会显露出难得一见的灿烂笑容。真嗣为此困惑不已。
　　晚上，葛城邀请赤木博士来家里就餐。然而，葛城的厨艺的确是差强人意，搞得所有人都没了胃口。餐后，律子取出了绫波丽的新通行证，拜托真嗣转交。真嗣为此来到了绫波丽的寓所。因为按了很长时间的门铃都无人应声，真嗣便小心翼翼的走进了绫波丽的房间。不想，却让他发现了一副破损的眼镜（就是碇元渡的那副眼镜），真嗣满腹狐疑的戴上了它。就在此时，他突然听到门声，回头却见绫波丽站在身后。眼见绫波丽愤怒的走上前来，真嗣乱了章法，毛手毛脚的扑倒了绫波丽。其实，绫波丽的本意只想取回那副眼镜。更加紧张的真嗣，努力向绫波丽表明自己的清白和无心。而绫波丽却显得无所谓，收好眼镜之后，便自顾自的离开了寓所。
　　两个人先后抵达了总部。绫波丽因为旧证件失效而无法进入总部，这时候，真嗣赶上来递过去新证件，绫波丽则毫无表情的接在手里。在前往实验场的途中，真嗣问绫波丽对于即将进行的实验是否害怕。而绫波却反问真嗣为什么怀疑自己父亲的能力。激动的真嗣开始发泄对于自己父亲的不满，可换来的是绫波一个响亮的耳光。
　　零号机再次启动实验取得了成功。与此同时，第五使徒已经悄无声息的出现在了人们的视野中。为了迎战使徒，真嗣驾驶初号机再度出击。但是，由于对新使徒的战术缺乏研究，首战失利，初号机败阵，真嗣身受重伤，常规作战计划被迫取消。得手后的使徒伸出巨大而坚固的钻头，开始突击NERV位于地下都市的总部。即使是最坚固的装甲板，充其量也只能延缓使徒的攻击。NERV若想在此次战斗中获胜必须有依赖新战术。
　　在充分的了解了使徒的特点后，葛城提出了一个大胆的作战计划，即以EVA专用阳电子炮进行定点突击，以强力摧毁使徒的“绝对领域”置其于死地。为此，两架EVA必须配合作战，同时此次作战所需的电力需要由全日本的电力系统供给。对于整个计划而言，真嗣的态度是最大的变数，但是绫波丽的表现却让真嗣最终选择了接受命运。
　　战斗准备正在有条不紊的进行着，踏着夕阳的余辉，两架EVA背负着希望出动了。当午夜钟声响起的时候，被命名为“屋岛作战计划”的行动正式开始。谁知，就在真嗣扣动班机的时候，使徒也发动了攻击。在两股阳电子流相遇的一霎那，由于物理效应而导致偏差，首次攻击失败。与此同时，使徒的钻头突破了最后的防护装甲，侵入地下城内。葛城下令进行第二次发射。而使徒的攻击却没有丝毫的停歇。危急时刻，负责防御的零号机以特制盾牌抵挡住了使徒的物理打击，为第二次发射争取了时间。就在零号机的防守行将崩溃前，真嗣再次扣动班机——第五使徒被消灭。
　　战斗结束后，真嗣的拼命将载有绫波丽的机舱从遭受重创的零号机中取出，不顾一切的亲手打开机舱封盖救出绫波丽。面对真嗣，绫波丽说：“我不知道该如何面对你？”真嗣回答：“微笑就可以了。”
　　
　　然而，EVA的使命不仅仅是与使徒对决。某日，葛城和赤木应邀出席了日本重化学工业联合体主办的新型JA核动力无人驾驶陆战机器人的发布会。JA的设计者宣称研制这款机器人的目的是为了代替EVA，并且对赤木律子提出“可靠性”的问题不屑一顾。不过，事实胜于雄辩。JA的初次试验就发生了意外。此时的JA犹如一枚行走的核弹。面对如此紧迫的局面，真嗣驾驶初号机紧急出动，将葛城送入了JA机器人的内部。葛城冒着生命危险，赶在内置反应堆爆炸前，关闭了机器人的动力系统。危机解除了。
　　盟军太平洋舰队奉命运载由NERV德国支部负责制造的EVA二号机及其驾驶员，前往日本本土。葛城美里带着真嗣、铃原和相田一同前往迎接。在舰队的旗舰上，他们见到了来自德国的二号机驾驶员明日香。而葛城也意外的发现，昔日的男友加持良智也在船上。原来，加持这次表面上是护送明日香和二号机去日本，实际上还负责运送（胚胎化）第一使徒亚当到NERV总部。