而因为最后的第十七使徒在第24集故事中就已经被歼灭，因此第25集和第26集原本应该是整个故事的“完结篇”。但事实上，TV版的这两集并没有交待故事的结局，而是演变成了主角碇真嗣和众多角色内心独白的荟萃。可能在总监督庵野秀明看来，是否有常规意义上的“大结局”并不重要，只要故事中的人物都能重新找到“自我”，就已经是最完美的结局了。
　　然而，对于这样一部受到广泛关注的作品而言，任何实验性的探索都必须小心翼翼地进行，稍有不慎就有可能招致广泛的批评。庵野秀明这次“任性妄为”的结果，就是很好的例子。TV版不了了之的这种结尾方式，引来了众多观众的强烈不满。难以计数抗议信件和电子邮件向雪片一般飞向GAINAX总部。而在TV版结束后的一次制作方与观众代表的见面会上，本片的总监督庵野秀明甚至因为结尾处理的问题，与观众代表的发生了激烈争执，甚至险些酿成“暴力事件”。事后，GAINAX社长的武田康广不得不在互联网上，代表制作方公开致歉，并宣布将在未来发行
　　“再制版”的第25和26集，以弥补原作的缺憾，给故事以完整的结局。
　　然而，在新版的制作期间，对《新世纪福音战士》的狂热仍然在全日本上空飘荡。由GAINAX推出的众多周边产品，都取得了不俗的市场业绩。而许多的卡通和科幻爱好者，还自发的创作了大量与动画片有关的小说和画作。同时，与这部动画片有关的网站，也赢得了众多的“眼球”。
　　终于，在1996年11月，GAINAX公司发布了《新世纪福音战士》将制作剧场版的消息。三个月后，包括海报、电话卡和预告录影带在内的电影预售票开始发售。在最初的宣传材料中，这部被命名为《死与新生》（DEATH&REBIRTH）的剧场版共120分钟，这其中包括由来已经播放过的段落重新剪辑而成的总集篇（60分钟）和重新制作的第25、26集（60分钟）。然而，在影片上映前夕。担任剧场版总监督的庵野秀明，突然在银座的东映大楼召开紧急记者会，宣布由于剧情长度和完成度上的要求，原定一部的剧场版将会分拆成两部上映。第一集将按原定计划上映，而第二集将被安排在1997年的夏季档期推出。
　　虽然，对于这位在日本动画界非常有名的“超支监督”和“跳票监督”的一贯作风早有准备，但是这个突如其来的消息依然让舆论大哗。因为原本一集的电影被分拆成了两集后，也就意味着GAINAX公司可以依靠这部片子赚上两次钱，愤怒的爱好者们又“送”给庵野一个新的称号——骗钱高手。但是，从记者招待会上，庵野极度疲惫的表情上看，这样的结果恐怕也绝非他所愿。无论如何，“地狱还要延续到夏天”。
　　不过，剧情的缩水并没有降低众多爱好者对于剧场版的期望值。据《新人类》杂志的报道，在剧场版首映当天（1997年3月15日），虽然从早上就开始下小雨，但是在东京与新宿的公映场地，依然聚集了超过7000名动画迷，这其中有一半观众是从昨天便开始彻夜等候的。这次放映剧场版《新世纪福音战士》，包括了72分钟的总集篇（DEATH）和27分钟的新剧情（REBIRTH），而我们现在能够见到的首部剧场版是经过修改的版本，与原版稍有出入。
　　四个月后的7月19日，《新世纪福音战士》的最终结局（END OF EVANGELION），即第二部剧场版《天空/真心爱你》（Air／まごこる、君に）也如期上映。第二部剧场版也是由两部分组成的，第一部分“Air”就是第一部剧场版中的新剧情（REBIRTH），而第二部分《真心爱你》是全片的大结局。
　　《死海文书》中记载的十七个使徒，已经被全部消灭。NERV的使命似乎也就此完成了。在总部的工作人员中，已经有人开始为日后打算了。然而，一场前所未有的灾难正悄无声息的向NERV袭来。
　　原来，因为碇元渡控制下的NERV总部已经在相当程度上脱离了SEELE的控制，再加上传说中的使徒已经被全部消灭。SEELE开始认为，NERV和EVA的存在变成了一个是非常棘手的问题。在最后一次劝说碇元渡回心转意的尝试失败后，SEELE决定从“精神”和“肉体”上彻底消灭NERV。SEELE成功地说服了日本政府和盟军，使他们相信，NERV有意引发“第三次冲击”（The Third Impact）。而唯一的化解之道，就是抢先消灭NERV和EVA。
　　最初的攻击是以NERV总部的“三贤人”（MAGI）系统为目标的。而攻击的始作俑者，就是分布在世界各地的5台（备份）MAGI系统。很明显，这是来自人类而非使徒的致命攻击。
　　为了保证击退来自四面八方的“电子战”进攻，此前一直被羁押的技术专家赤木律子暂时获释，负责对付眼前的危机。也正是因为赤木的不懈努力，来自外围的“电子战”攻击在最后一刻被瓦解了，亦如当初击败第十一使徒那样。
　　在“电子战”失败后，盟军开始对NERV总部展开全面的“物理攻击”。担任前锋的特种部队，不费吹灰之力便突破了脆弱的防线侵入地下都市。而且，在进攻开始战前，前线部队就接到了斩尽杀绝的“屠杀令”。一时间，位于地下都市的NERV总部变成了弥漫着名杀气的“人间炼狱”。
　　为了保护EVA驾驶员的安全，葛城美里让依然在治疗当中的明日香乘上二号机。哪知道，初号机的真嗣却不知去向，葛城决定去找回随时可能遇害的驾驶员真嗣。与此同时，碇元渡也离开了司令的座位——约定的时间快到了。
　　在基地里，葛城美里找到并救下险些被杀的真嗣。然而，身处极端绝望和精神崩溃中的真嗣，如同行尸走肉般没有一点生气。可是，真嗣的命运已经和EVA连接在一起了，这是他无法逃避的宿命。深知这一点的葛城，决定带真嗣到初号机那里去。
　　就在特种部队对NERV总部进行渗透攻击的同时，战略轰炸部队也向第三新东京市投下了N2地雷，地下都市的上层掩体被完全炸穿。而地面部队也侦测到了被发射到湖底的EVA二号机，随即向湖中投放了深水炸弹。在黑暗与恐惧的包围中，求生的本能冲撞着明日香封闭的心灵。冥冥之中，她似乎听到了母亲的召唤，看到了母亲温柔、和蔼的面容。就在她的手抓住母亲的一霎那，二号机觉醒了。当巨大的十字架从湖中升起的时候，整个战局完全逆转了。如同当年使徒来袭时一样，所有常规的攻击手段均告无效，盟军全线战败，死伤无数、火力损失待尽。
　　面对如此局面，策动这次攻势的SEELE打出了最后的王牌。九架量产型EVA五号机开赴前线。虽然同是EVA，但是量产型的装备水平超越了以往任何一架EVA，即使是曾经来袭的诸使徒也未必有他们这般强大。面对强敌，明日香与EVA二号机就如同面对“神军”的路西法，即使明知道会遭“天谴”却也无从逃避。在最后的三分钟里，EVA二号机重创了全部九架量产型的EVA。可惜，当电源耗尽的时候，二号机的战斗也随之终止。接下来是令人窒息的一幕，获胜的九架EVA（量产型），如饥饿的秃鹫般蜂拥而上，将二号机肢解啃食。
　　现在，唯一完好的只剩下了EVA初号机。在护送真嗣撤退的途中，葛城美里被流弹击中。当她把真嗣送上前往初号机放置地的电梯后，葛城美里带她不无遗憾的人生历程，咽下了最后一口气。
　　与此同时，碇元渡带着绫波丽来到位于基地最深处的“最终教条”。没想到，赤木律子却早已经在此“恭候”了。她用手枪指着碇元渡和绫波丽，表示要做最后的了断。接着，她按下了基地“自爆”装置的按钮。可是，她所期待的大爆炸并没有到来。监视器上显示，在“三贤人”系统有关自爆的表决中，具有她母亲赤木尚子作为“女人”性格特征的系统投了反对票——母亲为了自己钟爱的男人而抛弃了女儿。就这样，赤木律子无可奈何的倒在碇元渡的枪口下。
　　时间已经所剩无几了，碇元渡终于道出了自己多年来的苦心。为了能够与妻子碇唯重新相聚，他处心积虑、忍辱负重直到今天。而在今天，他将让亚当回到莉莉斯的体内，借此摆脱肉体的束缚，与妻子的灵魂在“心的补完”中重新聚首。之后，他将植入了（卵状）亚当的右手插入了绫玻丽的体内，并要求绫波丽（莉莉斯）带他去见碇唯。
　　另一方面，真嗣在经历了精神的煎熬后，在母亲的召唤下，再一次登上了初号机。然而，面对二号机被肢解的惨状，真嗣发出声嘶力竭的哀鸣。就在那一刻，伴随着“光之翼”完全展开，初号机完全觉醒了。先前被抛到外层空间的隆基诺斯之枪也回到地面。最终的仪式终于要开始了！九架量产型EVA，用它们自己的隆基诺斯之枪刺穿了初号机的手掌，这也就是所谓的“刺上圣印”。紧接着，它们叼住“光之翼”，将其初号机带向了高空，紧接着“卡巴拉生命之树”的图案出现在天空中。这时，NERV总部侦测到强烈的“绝对领域”反转——就像十五年前一样。第三次冲击开始了！随着巨大的爆炸声，隐藏在地下的“莉莉斯之卵”（黑月），浮现在世人的面前。据说，那里是人类和万物的来源，而今天我们真的将回归其中吗？
　　在深邃的地下，绫波丽（莉莉斯）听到了真嗣的声音。此时，碇元渡感到时机成熟，便让绫波丽带他去见碇唯。可是，绫波丽却突然折断了碇元渡的右手。正如，绫波丽（莉莉斯）所言，作为神的她，决不会做碇元渡的娃娃。万念俱灰的碇元渡，平静的躺在地板上，目送着绫波丽融入莉莉斯的体内。莉莉斯复活了！人类的命运已经终结吗？。面对屹立在天域之间的莉莉斯，真嗣再次发出了哀号。
　　随着共鸣的增强，仪式继续进行。这时，在真嗣的面前出现了久违的“老友”渚薰，真嗣开始感到前所未有的愉悦，进而在失去“自我”的状态下，堕入梦境，陷入了意识极度的“形而下”化（可以简单理解为想什么既是做什么）。而当隆基诺斯之枪刺入初号机的红色核心之时，生命之树也随之复生。这来自天界的神树，到底是拯救人类的方舟，还是毁灭人类的绞架，没有人能说清楚。
　　此后的影片转入了演绎真嗣在堕入梦境后的所见、所闻、所思、所想的“内心世界”。这部分内容历来被认为是“充满了阴晦的隐喻和谜题”，同时也是解读影片精神实质的跳板。但是，正是因为这种“隐喻”不确定性，相关的争论始终存在，这里便不再赘述。
　　现实中，黑月缓缓的脱离了地面飞到空中。莉莉斯的巨大身躯也从地平线上升起，黑月回到莉莉斯掌中。开始的世界和结束的世界，都已经敞开了大门。人们心中的绝对领域，在梦想成真的那一刻完全瓦解，摆脱了肉体的灵魂，在黑月中汇聚，在那里人们的心与心相互“补完”。而由生命之树包裹着的初号机，带着真嗣进入了莉莉斯的体内。
　　不过，危机却也因此而来临。真嗣封闭的内心其实并没有真的打开。面对别人的内心世界，他依然不能融入，似乎没有人愿意接受他的心。谁能想到，凡人心中的“绝对领域”居然会比神更强大。莉莉斯的脖子上出现了一道深深的伤痕，LCL从中喷涌而出。因为想再见到以前的朋友，真嗣和EVA初号机在莉莉斯的体内觉醒了。黑月就此破裂、粉碎。初号机展开“光之翼”，从莉莉斯体内逃逸。莉莉斯死了！人类补完计划——失败。
　　如果说，EVA的使命是消灭使徒，那么最后的使徒也已经成为了历史。初号机就此变成了巨大的石像——使命达成了，但毕竟付出了太多的代价。
　　人类补完计划为什么会失败？或许是因为人类作为生物的求生本能，要远胜于对孤独的恐惧。如果真的要选择，我们或许更愿意孤独的活着。或许我们真的很希望能够彼此融合，但前提是我依然是“我”，而不是“我们”。
　　在由LCL汇聚而成的海边，碇真嗣还活着，明日香也还活着。在梦里，真嗣曾经紧紧地卡住明日香的脖子，而此时他真的卡住了明日香的脖子，但他终于没有像梦中一样卡死她。“真令人受不了！”这是真嗣最后的独白。
　　“EVA”的故事终结了，然而……“心”的历史仅仅是刚刚开始！
　　
◆ GAINAX和他的成员们
　　GAINAX株式会社（株式会社ガイナックス）成立于1984年12月。“GAINAX”一词源自日本中国地区鸟取县的地方方言，包含了“伟大”、“绝妙”的意思。GAINAX的总部设在东京都武藏野市的一座三层建筑物内。在公司的第一层设有总务部、经理部和网络部等；第二层是动画制作部，那些令卡通迷们痴迷的动画精品都是在这个房间里诞生的；三层是软件制作部，在公司最初的十年里，这里是公司的“金库”。近年来，由于公司业务的扩展，GAINAX公司又在旁边的楼内新租了两层，建立专门的软件开发部。除了卡通和游戏软件之外，GAINAX公司的业务领域还涉及汽车模型产销和网络事业。而真正让GAINAX公司在日本卡通界声名鹊起的，还得说是“名监督”庵野秀明。
　　庵野秀明（Hideaki Anno），1960年出生在山口县宇部市。跟许多同龄人一样，他也是在战后成长起来的“卡通一代”。学生时代的庵野是一个优等生，但更是一个不折不扣的卡通迷。在宇部高中读书的时候，他便热衷于动画片的研究与制作，并在极其简陋的条件下，制作了一部卡通短片。不过，严格的说，那只是几个简单的分镜头而已。
　　1979年，十九岁的庵野考上宇部大学的教育学系，但是因为志向不和，并没有前去就读。翌年，他如愿以偿的考入大阪艺术大学映像计画学科。在这里，庵野秀明结识了山贺博之和赤井孝美，三个志同道合的朋友组成非正式的创作团体“SHADO”。并完成了一部相当有创意的动画短片《咸蛋超人》。
　　在就读大阪艺大期间，庵野秀明还通过朋友介绍结识了日后成为GAINAX社长的武田康广，以及冈田斗司夫等人。当时，武田等人正在筹划第20届日本SF大会暨第三次大阪大会（DAICON III），于是便委托庵野秀明所在的SHADO小组，负责为大会制作一部用于在开幕式上播放的动画短片，结果大获成功。
　　1982年，以冈田斗司夫和武田康广等人为骨干，在大阪的桃谷开设了一家科幻产品专营店：G-Products（ゼネラルロダクツ）。随后又成立了以庵野秀明、赤井孝美、山贺博之为核心的动画制作小组“DAICON Film”。同时，这个新成立的动画制作单位，还要负责筹备第22届SF大会暨第四次大阪大会（DAICON IV）的开场动画。
　　在此后将近三年的时间里，他们先后制作了《日本爱国战队》、《归来的咸蛋超人》、《电气怪杰》、《八歧大蛇之反击》等作品。这其中，由于庵野近乎完美主义的苛刻要求，《归来的咸蛋超人》直到1983年3月才完成，而这部几乎达到专业水平的短篇动画，在爱好者中赢得广泛的赞许。在G-Products的努力下，这些作品得以在日本各地陆续播映。
　　在此期间，山贺博之等人为了能够学习专业动画制作方法，启程前往东京，参与《超时空要塞MACROSS》的制作。庵野秀明与赤井孝美在完成了《归来的咸蛋超人》的制作之后，也来到东京加入了这部动画片的制作。事实上，在当时有很多类似庵野这样的有水平的卡通爱好者，都参与了《超时空要塞》的制作。在东京期间，庵野秀明结识了著名特效监督板野一郎，并从与他的交往中受益颇多。直到现在，庵野仍然认为板野先生是他跨入职业动画界的启蒙导师。而庵野秀明在东京的另一个收获就是认识了日后成为GAINAX二号主将的贞本义行。
　　贞本义行（Yoshiyuki Adamoto），1962年1月29日出生于山口县德山市。1981年，他考入东京造形大学绘画科。